Aux termes de l'article L 600-2 du code de l'urbanisme:

"Lorsqu'un refus opposé à une demande d'autorisation d'occuper ou d'utiliser le sol ou l'opposition à une déclaration de travaux ... a fait l'objet d'une annulation juridictionnelle, la demande d'autorisation ou la déclaration confirmée par l'intéressé ne peut faire l'objet d'un nouveau refus ou être assortie de prescriptions spéciales sur le fondement de dispositions d'urbanisme intervenues postérieurement à la date d'intervention de la décision annulée sous réserve que l'annulation soit devenue définitive et que la confirmation de la demande ou de la déclaration soit effectuée dans les six mois suivant la notification de l'annulation au pétitionnaire".

Autrement dit, si l'on obtient l'annulation par le Tribunal administratif d'un refus de permis de construire, le pétitionnaire (la personne demandant le permis) a tout intérêt à confirmer sa demande auprès de la Commune dans les 6 mois du jugement:

dans ce cas, les règles d'urbanisme nouvelles, postérieures à la décision de refus annulé (par exemple l'adoption d'un nouveau plan local d'urbanisme) ne pourront pas lui être opposées pour motiver un nouveau refus (la Commune n'est en effet pas obligée d'accorder le permis après l'annulation du refus si d'autres motifs peuvent être opposer pour refuser la demande).

Dans un arrêt récent du 27 mars 2015, la Cour administrative d'appel de Marseille apporte une précision non dépourvue d'intérêt: les services instructeurs de la Commune doivent instruire la demande initiale ayant donné lieu au refus annulé.

Par conséquent, la Commune n'est pas en droit de demander au pétitionnaire de fournir des pièces manquantes;

si elle formule une telle demande, cela n'aura pas pour effet de prolonger le délai d'instruction comme c'est le cas en général (voir les articles R 423-38 et suivants du code de l'urbanisme).